【2025年】勤怠管理システム徹底比較16選！料金や選び方、導入メリットも紹介

働き方の多様化や法改正により、勤怠管理の重要性が年々高まっています。
紙のタイムカードやExcelでの管理に限界を感じて、「勤怠管理システム」の導入を検討する企業も増えてきました。

しかし、市場には多くのサービスがあり、料金体系や機能もさまざま。自社にとって最適なシステムを選ぶには、目的と課題に応じた比較検討が欠かせません。

本記事では、2025年最新版の勤怠管理システムを徹底比較し、導入メリットや選び方のポイントを具体的にご紹介します。

勤怠管理システムとは？

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤時間、休憩、残業、有給休暇などの労働時間に関する情報を記録・管理するためのITツールです。
従来は紙のタイムカードやExcelで手作業による管理が主流でしたが、ミスの発生や集計の手間、法改正への対応が難しいなどの課題があり、近年はクラウド型のシステムに置き換える企業が急増しています。

勤怠管理システムの多くは、ICカードやスマートフォン、PCなどを使った打刻機能に加え、労働時間の自動集計、残業アラート、36協定との突合チェック、有給休暇の残日数管理といった多彩な機能を備えています。

中には、シフト作成や人件費の可視化、給与計算ソフトとの連携といった機能をもつ多機能型もあり、業務効率化と法令遵守の両面で効果が期待できます。

2024年問題や法改正により導入企業が増加

勤怠管理システムが特に注目されたのが「2024年問題（物流業界などへの時間外労働規制適用）」や、「働き方改革関連法」「労働条件明示の義務化（2024年4月施行）」といった法改正です。

2024年問題は、特別条項付き36協定を締結する場合のドライバーの時間外労働が年間960時間に制限されるものです。
これにより、日々の労働時間管理をこれまでより緻密に行う必要があります。

これらにより、正確かつリアルタイムな勤怠データの把握が企業にとって不可欠となりました。
大企業のみならず、中小企業においても法令遵守の一環として勤怠管理システムの導入が加速しています。

また、ハラスメントや過重労働、未払い残業など、労務トラブルのリスクが高まる中で、勤怠情報を「証拠」として正確に残す仕組みの重要性も増しており、人的ミスに頼らない勤怠管理へのニーズが高まっています。

※「2024年問題」とは何か詳しく知りたい方はこちら
物流・運送業界「2024年問題」をわかりやすく解説。拘束時間（労働時間）や給料など変更点と必要な対策について

勤怠管理システムの主な機能

勤怠管理システムには、以下のような基本機能が備わっています。

  • 打刻管理機能：ICカード、スマートフォン、PC、顔認証など多様な打刻手段に対応
  • 労働時間の自動集計：日別・月別の勤務時間、残業時間、深夜勤務時間などを自動で算出
  • シフト作成・管理：希望シフトの提出や自動シフト作成、変更履歴の管理
  • 休暇管理：有給休暇の残日数の自動計算、取得状況の可視化
  • 36協定管理：法定時間外労働の上限を超えそうな従業員にアラートを表示
  • 給与ソフトとの連携：集計データをそのまま給与計算システムに連携可能
  • テレワーク対応：GPS打刻や勤務状況の可視化によって遠隔でも管理可能

サービスによっては、労働基準法改正への自動対応や、労務リスクを通知するアラート機能、また人件費管理や予算計画に役立つ分析機能を搭載するものもあります。
業種や従業員規模によって必要な機能は異なるため、自社の課題や目的に合ったシステムを選ぶことが重要です。

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勤怠管理システムを導入するメリット

勤怠管理システムは、単に「打刻を自動化するツール」ではありません。法令遵守、業務効率の向上、従業員満足度の改善など、企業経営におけるさまざまな側面に好影響をもたらします。

ここでは代表的なメリットを4つの観点から紹介します。

労働時間を正確に把握できる

勤怠管理システムを導入することで、従業員の出勤・退勤時刻や休憩時間をリアルタイムかつ正確に記録できます。

一つひとつ手作業で集計するとなるとかなりの時間が必要ですし、ヒューマンエラーも発生しやすいです。
勤怠管理システムを使えば、労働時間の集計ミスや記録の改ざんといった問題を防ぐことができ、客観的なデータに基づいた適正な労働時間の管理が可能になります。

また、正確な勤怠情報が蓄積されていれば、残業時間の上限超過や休憩時間未取得といった法令違反の早期発見・是正につながり、労務リスクの軽減にも効果的です。

企業にとっては、労働基準監督署からの是正指導やトラブルに備え、企業の長期的な成長を後押しするうえでも効果的でしょう。

給与計算の効率化

勤怠管理システムの大きな利点のひとつが、給与計算とのスムーズな連携です。
従業員ごとの労働時間、残業、深夜勤務、有給休暇の取得状況などが自動で集計され、給与計算ソフトと連携させればそのままデータを取り込むことができます。

手入力や転記による人的ミスのリスクがなくなるだけでなく、情報共有などコミュニケーションにかかる時間や労力も抑えられるので、月末月初の繁忙期における総務・人事部門の作業負担を大幅に軽減します。

特に従業員数が多い企業や、複数拠点にわたって勤務管理を行うケースでは、業務の効率化と正確性の向上に大きく貢献します。

従業員による不正勤怠を防げる

手書きのタイムカードや紙の出勤簿では、出勤・退勤時刻の不正記入や代理打刻といった不正が起きやすいのが現実です。
勤怠管理システムでは、ICカードや顔認証、GPS機能付きのスマートフォン打刻などを活用することで、不正を物理的に防止できます。

打刻時間や位置情報のログも残るため、不自然な記録があった場合にはすぐに管理者が確認・対応できる体制が整います。
これにより、企業と従業員の双方にとってフェアな労働環境が実現します。

法改正に対応できる

労働基準法や育児・介護休業法など、労働関連法令は頻繁に改正されます。

特に近年では、働き方改革関連法や36協定の改正、有給休暇の取得義務化など、実務対応が求められる項目が急増しているので、それらの最新情報を一つひとつ吸いあげて実務に反映させるのは簡単なことではありません。

勤怠管理システムの多くは、法改正のたびに自動でシステムアップデートが行われ、企業側が都度設定を見直す必要がありません。
これにより、常に最新の法令に沿った形での勤怠管理が可能となり、法令違反のリスクを最小限に抑えることができます。

【中小企業向け】おすすめ勤怠管理システム10選を比較

勤怠管理システムは製品ごとに機能や価格が異なるため、「どれを選べばいいかわからない」という声も少なくありません。ここでは、使いやすさ・コスト・サポート体制などを踏まえて、中小企業に最適な勤怠管理システムを厳選して紹介します。

※飲食業界の皆さんはこちらの記事もお役立てください
【飲食店・小売店向け】従業員のシフト管理を効率化したい！おすすめのシステム7選

1. ジョブカン勤怠管理

シンプルで直感的な操作性が特長のクラウド型勤怠管理。シリーズ累計導入実績は25万社にのぼります。
多機能ながら低価格で導入しやすく、法改正にも自動対応。

有料ですが初期設定代行サービスもあるので、初めて利用する企業にとっても安心です。

【料金】
月額200円/ユーザー（最低利用料金2,000円）

【公式サイト】
https://jobcan.ne.jp/

※ジョブカン勤怠管理と連携可能な「ジョブカン採用管理」について知りたい方はこちら
『ジョブカン採用管理』の機能・特徴を解説！他の採用管理システムとの違いとは？

2. KING OF TIME

導入実績6万社超のクラウド勤怠管理。リアルタイム管理、36協定アラート、法改正対応など機能が充実。自社ルールに柔軟に対応でき、給与計算ソフトとの連携もスムーズ。
スマホや指静脈打刻など多様な打刻が可能です。

「KING OF TIME人事労務」「KING OF TIME勤怠管理」など他の連携サービスも追加料金なしで利用できる点も魅力です。

【料金】
月額300円/ユーザー（初期費用なし）

【公式サイト】
https://www.kingoftime.jp/

3. マネーフォワード クラウド勤怠

マネーフォワード製品群と連携できる中小企業向けクラウド勤怠。裁量労働やシフト制にも対応し、複雑な勤務形態を正確に管理できます。
勤務実績は自動集計され、給与・経費精算との連携でバックオフィスの効率化が可能です。

【料金】
月額2,480円～（ひとり法人プラン）
月額4,480円～（スモールビジネスプラン）
月額6,480円～（ビジネスプラン）

【公式サイト】
https://biz.moneyforward.com/attendance/

4. freee勤怠管理Plus

freeeシリーズとの親和性が高く、給与・人事管理と連携可能なクラウド型勤怠管理です。
スマホやICカードでの打刻ができ、勤怠記録はリアルタイム反映。休暇・時間外勤務などの申請・承認もWeb上で行えるので、従業員にとっても事務の手間が省けるでしょう。

【料金】
月額300円/ユーザー（初期費用なし）

【公式サイト】
https://www.freee.co.jp/time-tracking-plus/

5. ジンジャー勤怠

人事労務の一元管理を目指す「ジンジャー」シリーズの勤怠管理システム。働き方に合わせたカスタマイズが可能で、自動集計・自動アラート・残業管理など多機能を備えています。
サポート体制が充実しているので、システムの利用に慣れていない企業でも安心して使えるでしょう。

【料金】
月額300円〜/ユーザー（初期費用別途）

【公式サイト】
https://hcm-jinjer.com/kintai/

6. 楽楽勤怠

勤怠だけでなく、労働時間の上限管理や残業アラートなど、法令対応も強化された勤怠管理システム。
「BOXIL SaaS AWARD Spring 2023」の勤怠管理システム部門に選ばれた実績もあります。ダッシュボードで状況がひと目で分かるので、労務リスクの可視化に貢献してくれるでしょう。

【料金】
月額30,000円〜（税抜）

【公式サイト】
https://www.rakurakukintai.jp/

7. Touch On Time（タッチオンタイム）

初期費用ゼロ・月額300円から始められる、コストパフォーマンスに優れた勤怠管理。

公式サイトによると、導入継続率は99.7％です。GPS・ICカード・指紋など打刻方法が豊富で、多拠点管理にも対応しているうえに、集計・アラート・レポート機能も充実しており導入しやすい点が特徴です。

【料金】
月額300円/ユーザー（初期費用なし）

【公式サイト】
https://www.kintaisystem.com/

8. MINAGINE勤怠管理

労務リスク可視化を強みとしており、36協定の遵守を支援するアラートや、シンプルなUI設計が特徴です。
労務顧問サービスとの併用で、実務支援や就業規則の整備も可能であり、特に中小企業向けサービスだと言えます。

【料金】
月額30,000円〜（31名以上は+300円/人）

【公式サイト】
https://minagine.jp/system/

9. CLOUZA（クラウザ）

クラウド型でありながら、基本機能に特化したシンプルで軽量な勤怠管理ツール。スマホ・PC打刻や休暇管理、時間外労働の可視化に対応し、給与ソフトとの連携機能も完備しています。
月額200円からと非常にリーズナブルな料金設定で、小規模事業者にもおすすめです。

【料金】
月額200円/ユーザー（初期費用なし）

【公式サイト】
https://clouza.jp/

10. kincone（キンコン）

ICカードやスマートフォンを使った出退勤記録と交通費精算がワンストップでできるシステム。
GPSで打刻場所を表示するので不正打刻の防止も強化でき、打刻情報はそのまま交通費データにも反映されます。Slackなど外部ツールとの連携が充実していることも特長です。

【料金】
月額220円（税込み）/ユーザー（初期費用なし）

【公式サイト】
https://www.kincone.com/

11.HRMOS勤怠（ハーモス勤怠）

HRMOS勤怠は、導入社数累計10万社を超える人気のシステム。LINEやSlackなどのチャットツールから打刻できる利便性が特長です。
PC・スマホ・ICカードなど多様な打刻手段に対応し、不正打刻防止や残業アラート機能も搭載。利用人数30名以下は基本機能が無料で使えるなど、コスト面でも中小企業に適しています。

【料金】
30名以下 無料／31名以上 月額100円～/ユーザー（税抜）

【公式サイト】
https://hrmos.co/kintai/

【大企業向け】おすすめ勤怠管理システム5選を比較

従業員数が多く、勤務体系が複雑になりやすい大企業においては、勤怠管理システムの選定が組織運営の要となります。
適切なシステムを導入することで、労務リスクの軽減や管理部門の負担削減、コンプライアンス対応の強化が実現可能です。

ここでは、大企業のニーズに対応した高機能な勤怠管理システムを5つ厳選し、特徴や導入効果を比較しました。自社に最適なシステム選びの参考にしてください。

1. キンタイミライ（旧：バイバイ タイムカード）

数千名規模にも対応可能な、大規模法人向けのクラウド型勤怠管理システムです。
複雑な勤務形態・就業ルールも個社ごとにカスタマイズ可能で、大手企業を中心に豊富な導入実績を誇ります。全国対応のサポート体制も万全で、多拠点運用にも強みを持っています。

【料金】
要問い合わせ（利用人数・カスタマイズ内容により変動）

※下記サイトで見積例を確認できます
料金｜キンタイミライ

【公式サイト】
https://kintaimirai.jp/

2. 就業管理システム TimeWorks

働き方改革や多様な勤務制度への対応を視野に設計された高機能型勤怠管理システム。ICカード・生体認証・スマホ打刻などに対応し、申請ワークフローも充実しています。
オンプレミス／クラウド双方に対応可能で柔軟な導入が可能です。

【料金】
要問い合わせ（クラウド・ライセンスモデルにより異なる）

【公式サイト】
https://workvision.net/hr/shugyo/

3. CYBER XEED就業

クラウド型の勤怠管理システムで、大企業の多様な勤務体系や法令対応に対応。サービス提供20年以上という実績があり、これまで多くの企業に愛用されてきました。
勤怠集計、各種申請、36協定チェック機能などを標準搭載し、人事・給与システムとも連携可能です。導入から運用まで手厚いサポートが受けられます。

【料金】
月額380円～/ユーザー（最低利用人数なし）

【公式サイト】
https://www.i-abs.co.jp/product/workmanagement/

4. TimePro-VG

アマノが提供するエンタープライズ向け就業管理システム。コンプライアンス対応やシミュレーション機能に優れ、PCログとの突合など労務リスクの可視化もできます。
「実績データ」をもとにしたアラートだけでなく「見込データ」をもとに今後の予測計算も行えるので、人事戦略を立てる際にも役立てられます。

【料金】
要問い合わせ（導入形態・機能により異なる。オンプレミス・クラウドも選べます）

【公式サイト】
https://www.amano.co.jp/tis/line-up/timepro-vg/

5. ShiftMAX

Excelで操作して、直接クラウドに接続するというユニークな発想のシステムです。「Excelであれば使ったことがある」という方も多いと思うので、スムーズに慣れることができるでしょう。
リアルタイムの出退勤状況把握、シフト調整、データ集計が可能。給与ソフトとの自動連携もでき、複雑な運用でも効率化が期待できます。

【料金】
コンサルティング0円
初期設定費用50万
月額費用5万円～（基本機能：月額300円～/ユーザー）

【公式サイト】
https://shiftmax.co.jp/

勤怠管理システムを比較する際のポイント

勤怠管理システムの導入を検討する際は、単に知名度や料金の安さだけで選ぶのではなく、自社の業務に本当に適しているかを見極めることが重要です。
導入後に「思っていた機能が使えない……」「自社の就業ルールに合わない……」といったミスマッチを防ぐためにも、比較時に押さえておくべき評価ポイントがあります。

ここでは、システム選定で失敗しないための5つの視点をご紹介します。

自社勤務ルールに柔軟に対応できるか

企業ごとに異なる就業規則や勤務体系（固定時間制・フレックスタイム制・裁量労働制・シフト制など）に柔軟に対応できるかは、比較において非常に重要なポイントです。

導入後に「自社のルールに合わず一部手作業で管理する羽目になった……」「結局他製品に乗り換えた……」といった失敗も少なくありません。
特に多拠点展開や複数職種を抱える企業では、柔軟な設定機能や部署単位でのカスタマイズが可能かを確認する必要があります。

サポート体制と導入支援の有無

ITに詳しいスタッフが社内にいない場合でも、スムーズに導入・運用できるように、初期設定支援や操作説明、運用時のサポートが充実しているかどうかも重要です。

サポートの手段（電話、メール、チャット）、対応時間、専任担当者の有無なども事前に確認しておくと安心です。

また、自社にあわせてカスタマイズする際は、担当者との相性などもチェックしておくと良いでしょう。
導入後の法改正へのアップデート対応や、仕様変更時の支援があるかも比較のポイントになります。

無料トライアルや無料プランが用意されているか

勤怠管理システムは「導入してみたが、実際の業務フローと合わなかった」というケースも珍しくありません。

そのため、導入前にトライアルができるか、もしくは無料プランが用意されているかは重要な検討材料です。

そもそも無料プランは、従業員数や機能に制限がある場合が多いものの、小規模事業者であれば継続的な運用が十分可能なケースもあります。
なお、無料でしっかり検証できる環境が整っているサービスは信頼度も高い傾向です。

コストと導入効果のバランス

月額費用だけでなく、初期費用、オプション費用、サポート費用などを含めた「総コスト」を確認することが大切です。

また、費用対効果の観点からも「どれだけ業務効率化につながるか」「労務リスクをどれだけ削減できるか」といった導入効果を定量的に見積もることが求められます。
価格が安くても、自社の要件に合わなければ逆に工数が増える可能性もあるため注意が必要です。

他の人事・給与システムとの連携可否

勤怠データは給与計算や人事評価のベースになる情報です。給与ソフトや人事管理システムとの連携がスムーズにできるかどうかは、運用負荷を大きく左右します。
API連携があるか、CSV出力が可能か、すでに使っているシステムと相性が良いかなど、事前に確認しておきましょう。

特にfreee、マネーフォワード、PCAなどと連携しやすいかは、中小企業にとって大きな判断材料となります。

まとめ

勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールにとどまらず、労務コンプライアンスの強化や給与計算業務の効率化、従業員の働き方改革を推進するための重要なインフラです。
特に近年は、法改正や多様な勤務形態への対応が求められるなかで、企業規模や業種に応じたシステム選定が不可欠となっています。

重要なのは、「自社にとって必要な機能が何か」「現場の業務にフィットするか」「費用対効果が見込めるか」を軸に検討を進めることです。

可能であれば、無料トライアルを活用しながら、実際の業務フローに落とし込んで検証してみるとよいでしょう。

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この記事を書いた人
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コンノ

公務員として4年間、人事労務の実務経験あり。 これまで100名以上の事業者をインタビューしており、「企業や個人事業主が本当に悩んでいること」を解決できる記事を執筆します。

監修者
監修者
辻 惠次郎

ネットオン創業期に入社後、現在は取締役CTOとしてマーケティングからプロダクトまでを統括。
通算約200社のデジタルマーケティングコンサルタントを経験。特に難しいとされる、飲食や介護の正社員の応募単価を5万円台から1万円台に下げる実績を作り出した。
Indeedはもちろん、インターネット広告やDSP広告を組み合わせた効率的な集客や、Google Analytics等の解析ツールを利用した効果分析、サイト改善を強みとしている。